Las investigaciones realizadas por los organismos de derechos humanos y el avance de los juicios por los crímenes de lesa humanidad perpetrados durante el último gobierno de facto abrieron la posibilidad de ampliar las denuncias a miembros de la Iglesia católica, empresarios y dueños de medios de comunicación hegemónicos. Pero, además, permitieron (y permiten) hablar de un tormento que fue inherente a la puesta en marcha del plan sistemático de desaparición, tortura, apropiación y exterminio para los genocidas: los delitos sexuales cometidos, especialmente, contra las mujeres detenidas desaparecidas.

A la actualidad se pronunciaron 220 sentencias en juicios de este tipo en todo el país (más de la mitad aún tiene alguna instancia recursiva pendiente). Entre los tormentos denunciados por los testigos que estuvieron privados de su libertad de forma clandestina, es frecuente la denuncia contra represores que observaban a sus víctimas mientras se bañaban, orinaban o defecaban. La aplicación de descargas eléctricas en genitales, la introducción de roedores en vaginas, los abusos sexuales y las violaciones también forman parte de las calamidades expuestas en los juicios orales por los testigos que declararon en ellos.

El genocidio desarrollado durante la última dictadura cívico-militar apuntó, desde el punto de vista de Daniel Feierstein (2018), a «la destrucción parcial de la identidad del grupo nacional». Este concepto permite ampliar la comprensión de sus consecuencias a un conjunto más amplio que el de lo que se ha calificado como las «víctimas directas», y también poner en valor los relatos de este tipo de delitos, entendidos (desde el punto de vista jurídico) como una forma más de vejación hasta la reapertura de los juicios por crímenes de lesa humanidad. En este sentido, si bien durante el Juicio a las Juntas Militares se mencionó la comisión de delitos contra la integridad sexual como consecuencia natural del sistema de clandestinidad adoptado, no se lo consideró como un delito de lesa humanidad en sí mismo.

La primera condena por el delito de violación sexual en perjuicio de mujeres en un centro clandestino de detención fue en 2010 contra el exsuboficial de la Fuerza Aérea Gregorio Rafael Molina. La sentencia dictada por el Tribunal Oral en lo Criminal Federal de Mar del Plata fue ratificada por la Sala IVª de la Cámara de Casación Penal, que entendió que los delitos sexuales cometidos por genocidas en este período también son crímenes de lesa humanidad. Los jueces Mariano Borinsky, Gustavo Hornos y Juan Carlos Gemignani describieron que: «Constituyen parte del ataque generalizado contra la población civil diseñado por el último gobierno militar en el marco del plan sistemático de represión estatal que habilita la caracterización de delitos de lesa humanidad y los torna imprescriptibles».

En 2013, el Tribunal Oral Federal de Santiago del Estero integrado por los magistrados Graciela Nair Fernández Vecino, Juan Carlos Reynaga y José Fabián Asís sostuvo en la sentencia por la causa «Aliendro» que en el caso de las violaciones perpetradas por los genocidas «la cotidianeidad hizo del sometimiento sexual de los detenidos una parte misma del plan, una forma más de exterminio». Este fue otro precedente para tres nuevas sentencias en las que se condenó a autores directos y mediatos aquel año en San Juan, Santa Fe y Tucumán. En esta última se describió la violencia sexual como «todo acto con connotación sexual que se hace sobre el cuerpo de una persona en circunstancias coactivas».

A lo largo de otros procesos como la causa «Musa Azar», en Santiago del Estero; «Fronda» y «Metán», en Salta; «ESMA Unificada», «Vesubio II», en Buenos Aires; «Villa Urquiza», en Tucumán; «Megacausa La Perla» en Córdoba; «D2, Casino de suboficiales y Las Lajas», en Mendoza; «Circuito Camps» en La Plata y «Armada I y II», en Bahía Blanca, entre otros, se expusieron denuncias contra genocidas violadores. Sin embargo, a pesar de los grandes avances, aún persisten obstáculos para la judicialización de estos casos como consecuencia del carácter sexista y discriminatorio de género que el Poder Judicial reproduce, el hecho de que estos delitos sean de instancia privada y que algunos magistrados aún los consideren «vejámenes».